西院伽藍北西の小高い場所に、峯の薬師と呼ばれる薬師如来像を安置する八角円堂の西円堂があります。このお堂の創建については、養老2年(718)に光明皇后の母、橘夫人の発願によって、行基菩薩が建立したという伝承があります。現在の建物は建長2年(1250)に再建されていますが凝灰岩の礎石や二重の須弥壇に天平期の名残りがみられます。
堂内中央の薬師如来像を取り囲むように十二神将像が、また東面には千手観音像、北面には不動明王像が安置されています。また堂内には薬師如来の霊験を物語る、夥しい数の刀剣や弓、甲冑、鏡などが奉納され、現在その一万点以上が宝物庫に収蔵されています。
（鎌倉時代 国宝）
八角形の裳懸け座に坐す、丈六の大きな脱活乾漆造で「峯の薬師」と呼ばれ、今も多くの人々から篤く信仰されています。光背は鎌倉時代の後補で二重になった円相には七仏薬師と千体仏が取り付けられています。
（奈良時代 国宝）